Abbiamo detto che la prima comunità francescana di Orte, forse istituita dallo stesso Serafico Padre, dalla chiesetta di S. Nicolao si trasferì dopo poco tempo nella chiesa di S. Lorenzo al di là del Tevere, dove morì e fu sepolto il Beato Teobaldo d'Assisi.

Nel convento di S. Lorenzo però, non molti anni dimorarono i frati, che trovarono asilo, dopo la morte del Beato, nella chiesa di S. Teodoro al Borgo di S. Giacomo. La chiesa di S. Teodoro, che ora non esiste più, pare fosse unita ad un monastero dipendente dalla Badia di Farfa, e secondo quanto dice P. Casimiro, (P. Casimiro da Roma. op. cit.) era situata <<in capite ipsius civitatis>> cioè a capo della città. Infatti anche il P. Theuli (P.Theuli da Velletri, op. cit.) afferma che era posta sotto l'antica fortezza, e forse, aggiungiamo noi, nelle vicinanze del ponte di Augusto. E doveva in realtà essere situata non molto distante dal Tevere, poiché l'anno 1258, essendo vescovo di Orte un francescano, certo Pietro da Popleto, eletto dal capitolo ortano e confermato dal Pontefice Alessandro IV, la comunità francescana, a causa delle continue inondazioni del fiume, fu costretta abbandonare la chiesa di S. Teodoro e trasferirsi dentro la città, nella chiesa di S. Angelo. Questa chiesa, che era parrocchia, con chiostro, case, orto ecc.; fu data dal vescovo Pietro ai frati senza l'autorizzazione del Capitolo, il quale perciò deve avere evidentemente protestato presso la Sede Apostolica. Esiste infatti una lettera di Alessandro IV, datata da Anagni , che conferma la concessione fatta dal vescovo al P. Giacomo da Piperno, vicario del Ministro Provinciale, della chiesa di S. Angelo. In tale lettera, così il Papa, fra l'altro si esprime, secondo una traduzione italiana fornitaci :<<Noi, inclinati alle vostre preghiere, la rinuncia e la concessione della chiesa di S. Angelo, del chiostro e delle pertinenze sue a voi provvidamente e pienamente fatta (dal Vescovo) avendola come rata e ferma, la confermiamo con l'Autorità Apostolica e la rinforziamo con la presente scrittura sanando il difetto che in detta concessione vi fu per non essere stata chiesta al Capitolo ortano, supplendo con la pienezza della nostra Potestà...>>.

Il vescovo Pietro fece esenti anche i frati dalla giurisdizione episcopale, ed anche per questo, essendo necessario il consenso del Capitolo, supplì il medesimo Pontefice, con Breve particolare diretto al Podestà, Consiglio e Comunità di Orte. E poiché forse continuarono egualmente le liti per tale concessione, questa fu nuovamente confermata vari anni dopo da Bonifacio VIII.

Qualche storico scrisse che la chiesa di S. Angelo era situata sopra la Bastia, forse perché il Wadding (Wadding. Tomo VIII. Anno 1372 § 3) dice che circa il 1372 i frati abbandonarono tale chiesa perché fu trasformata in fortezza, ma è questo uno sbaglio evidentissimo.

La chiesa di S. Angelo sorgeva dove ora è la chiesa di S. Francesco e né l'abbandono di cui parla il Wadding pare avesse più luogo, poiché è vero che al tempo di Urbano V, a causa delle guerre e per la sicurezza della città, si prospettò l'idea di fare delle opere di fortificazione al Convento di S. Angelo, per premunirsi specialmente contro le eventuali incursioni di eserciti da parte di Amelia, ma il Cardinale Legato del Pontefice in Italia (la sede apostolica s'era trasferita in Avignone) al quale lo stesso Papa aveva dato incarico, riuscì a quietare le turbolenze, e l'idea, come afferma il P. Theuli, non fu messa più in esecuzione. I francescani rimasero perciò nella chiesa di S. Angelo. Il convento fu in seguito notevolmente ampliato e modificato e posto sotto il titolo di S. Francesco, come pure la chiesa. Sono ancora visibili infatti nel fabbricato del convento varie modificazioni edilizie su mura vecchissime, ed anche, ben marcate,le linee di un antico chiostro con archi romani.

Varie indulgenze e favori concessero i Pontefici alle chiese e conventi francescani di Orte. Innocenzo IV concesse, nel 1253, 40 giorni di indulgenze a tutti coloro che avessero date elemosine al Convento; Alessandro IV, 100 giorni per le feste di S. Francesco, S. Antonio e S. Chiara e per le loro ottave; Nicolò IV tre anni e tre quarantene a chi visitava la chiesa dei Minori il primo giorno dopo la Pentecoste ed ottava seguente; Gregorio XIII sette anni ed altrettante quarantene alle Compagnie dell'Immacolata e del Terz'ordine erette nella chiesa dei frati, per ogni prima domenica del mese ecc.; Altri favori ottennero le chiese francescane per mezzo di S. Bonaventura che, come afferma il Leoncini (Leoncini. Cron. ort.), venne anche in Orte insieme al Dottore Angelico, S. Tommaso d'Aquino.

I minori ressero per molti anni anche l'ospedale di Santa Croce, come apparisce da un Breve di Giovanni XXII, nel quale si dice pure che da cento anni avanti i francescani avevano avuta la rettoria dell'Ospedale stesso.

Nel 1441, sotto il pontificato di Eugenio IV, i francescani acquistarono dal capitolo Ortano le Chiese di S. Marciano e di S. Giorgio con tutte le annesse possessioni. La chiesa di S. Giorgio forse era quella che esisteva al Borgo e già lasciata dalle Monache di S. Chiera, e la chiesa dei SS. Marciano e Maurizio era situata nell'attuale giardino Manni, sulla piazza di S. Francesco, prima chiamata di S. Marciano.

Varie modificazioni furono fatte al convento ed alla chiesa di S. Francesco verso la fine del 1600 ed in tale epoca fu annesso anche il convento stesso un noviziato con le elemosine di un tal Sisto Honorati di Orte.

Fra i vari cittadini ortani che vestirono l'abito francescano in questo convento ricordiamo il P. Bonaventura Forlani, persona virtuosa e di molta prudenza, teologo del card. Maffei, nel 1571 ! guardiano e commissario generale dei SS. Apostoli in Roma, varie volte ministro provinciale, e finalmente vescovo di Alatri nel 1586.

Nella chiesa di S. Francesco sono conservate molte ed insigni Reliquie: fra le altre un cilicio del Serafico Padre. Nella chiesa stessa vi fu sepolto il P. Ottaviano Cepriani da Antrodoco, celebre predicatore del tempo. Il convento di S. Francesco appartenne ai minori conventuali fino al 1809, epoca in cui fu soppresso da Napoleone: vi è oggi la sede del Seminario Ortano.

Bellissimo ed artistico è il Chiostro, in questi ultimi tempi tornato, per saggio provvedimento, a sfavillare in tutta l'antica bellezza, e la cisterna posta nel mezzo del chiostro stesso, e fiancheggiata da due agili colonnine sormontate da magnifici capitelli. Nella sagrestia della chiesa vi è un interessante quadro originale raffigurante il Dottore Serafico S. Bonaventura. Sull'altare maggiore si venera la miracolosa immagine della Madonna della Misericordia, per la quale una speciale devozione hanno gli ortani. Tale quadro si trovava prima nella chiesa dei SS. marciano e Maurizio, già situata come abbiamo detto nell'attuale giardino Manni, e dove era anche la sede della Compagnia della Misericordia, trasferita poi nella chiesa di S. Francesco.

Nella chiesa cattedrale si conserva un antico quadro di S. Francesco che ha molta importanza artistica. Si tratta di un dipinto su tavola in cui è effigiato, in tutta la statura, il Poverello d'Assisi. Ai quattro lati del quadro si scorgono alcuni episodi della vita di S. Francesco. Per incarico della Direzione delle Belle Arti, vi sono stati fatti recentemente alcuni ritocchi dal valente artista Prof. Venturini Papari che ha ridonato al quadro l'antico splendore. Non si conosce l'autore della pregevole opera, ma pare che rimonti al secolo XIII e sia un vero ritratto dell'Assisiate. Così il Leoncini che dice anche che il quadro stesso è del 1284 e fu sempre tenuto in molta venerazione. Il dipinto si trovava prima nella chiesa di S. Francesco dove evidentemente era un tempo collocato in qualche cappella od altare, poiché non si spiegherebbe diversamente la ragione per la quale nessun altare in questa chiesa è attualmente dedicato al Santo d'Assisi. Può darsi che il quadro sia opera di qualche frate pittore che visse nel convento di Orte probabilmente all'epoca del Vescovo Pietro, francescano, che secondo il Wadding, morì nel 1284, dopo aver governato per molti anni Diocesi. Forse il pittore stesso conobbe personalmente il Serafico Padre e poté quindi bene effigiarne le dolci sembianze. Comunque, il quadro, poco noto ai cultori ed amatori di arte francescana, è di molto interesse storico ed artistico.